坠落海洋的达克幸存了下来，两位战友却消失了。Maryy的攻击使次元扭曲，天空如同被打破了一个巨大的窟窿，看到的是宇宙的景象。
次元扭曲越来越大，向整个地球上空蔓延，地球内的空气迅速流失，以这样的速度，不到12小时整个地球将被抽干空气，届时所有生命都将灭绝，地球会变成一颗和火星一样的死亡行星。
沉没在海底的达克奥特曼失去了意识，但灵魂却在不断回想着方才米利尼安舍身救自己的画面，与一万年前自己与他战斗，被关进维度监狱的往事。
达克奥特曼被感化，身体恢复成被黑暗物质侵蚀前的原本面目：黄色的眼球，银红相间的皮肤。
失去力量的他躺在海底动弹不得，但感应到地球仿佛是一个有机体一样，向他输送来自海洋的纯净能源。
诺兰与达克在此刻真正实现了一体同心，他回想起了被达克附体的记忆：多年来任职特殊调查部队队长一职的诺兰借着难得的休假，想回乌鲁木齐的家中看望母亲，当他驾驶汽车行驶在G314国道上时，一团红光将汽车包裹住，汽车离地悬浮而起，诺兰打不开车门便想砸烂车窗后跳下。一股神秘的力量附身进自己体内，痛苦挣扎的诺兰被这股力量夺取身体的支配权，自此意识介于清醒与半清醒之间，在达克奥特曼的控制之下吸引星际怪兽准确到达李千禧所在位置，向同样被米利尼安附身的李千禧展开复仇行动......
自米利尼安被Maryy的光柱击中后，世界仿佛重回天地未开的混沌状态，什么也听不见，什么也看不见，自己就如同母胎里的胎儿。不知过了多久，李千禧在一片沙漠中醒来。
李千禧：（抓起一把黄沙，尚有余温，以此确定这是梦境还是现实）这里是哪儿？是腾格里沙漠吗？我还活着吗？
他看到了不远处的月牙泉，那是沙漠里的绿洲。
李千禧：（似乎想起了什么，突然头痛欲裂，他痛苦地捂住脑袋，跪倒在地）
空中传来一声巨响，一个庞然大物从天而降，坠落在了沙漠之中，随即引发巨大沙暴，李千禧只能勉强看见铺天盖日的黄沙中有一双蓝色的巨眼。
李千禧：（一手捂住口鼻，一手抓住黄沙，匍匐在地）
“救命......救救我儿子......”
李千禧：（这个声音他感觉亲切又熟悉，向着微弱的声音寻去，看到沙丘旁一辆被沙暴掀翻的吉普车，男主人奄奄一息，女主人昏死过去，后座还有一个昏迷的小孩）
李国豪：（声音微弱，请求李千禧）求你......把我儿子......救出去......快......
李千禧：（看到这个求救的男人后现是愣住，随后大悟，热泪盈眶，泣不成声，发疯似地徒手挖刨掩埋汽车的沙土）爸爸！爸爸！我是千禧啊！妈妈！你怎么样了！我这就救你们出来！
李国豪：（虚弱力，行将昏迷）快走......来不及了......
更强的沙暴席卷而来，李千禧绝望地看着扑来的黄沙，万念俱灰，突然想起自己是奥特曼，但摸遍全身却找不到变身器。
李千禧：（踹碎后座的车窗，将幼小的自己从车内拉出，自己现在没有力量，在沙暴面前能为力，非但救不了父母，也救不了自己，绝望地呐喊）啊！
米利尼安：（用尽最后的力量，将李千禧覆在左掌之下，避免了被沙暴掩埋，自己则能量耗尽，躯体消失）
沙暴停息后，李千禧怀抱着小时候的自己，四下寻找消失了的父母，救援队终于到达月牙泉景区，搜救遇难的旅客。
李千禧：（将昏迷的小千禧托付给救援人员）拜托你照看他，带他去安全的地方，我要去找我的父母！
李千禧意识到父母已经被黄沙掩埋，他发疯似地在沙漠中到处乱挖，变身器从上衣口袋中滑落。
李千禧：（拿起变身器，像是看到了希望）爸爸妈妈！我这就救你们出来！
李千禧按下变身器的瞬间，并没有变成奥特曼去拯救父母，而是回到了自己所处的时代。
BASE甘肃分部的十二个人造人孩童终于苏醒了过来，她们虽昏迷了很久，但地球上发生的事情她们全部都通过超能力感知到了。
维生装置内的养护液体被排出，她们摘掉口鼻上的氧气面罩，和插在身上的各种输液管，蹲下来双手护住赤裸的身体，害怕地四下张望，大口喘气。
科研人员：报告！“女娲计划”的十二个人造人类全部苏醒了！
卢俊义：（亲自来到科研中心，像是看待动物一般地抚摸着她们湿漉漉的头发，为她们披上白色的保暖毯）你们终于醒了！你们......
玄女：(通过超能力洞察了卢俊义的内心想法)我知道你最想问的是什么，我们已经提取不了贝塔胶囊了。
女娲：（看着自己另一半变成蜥蜴人的肢体）现在是人类与地球生死攸关的时候了，我们深爱着这颗美丽的星球和人类，哪怕牺牲自己也要拯救它！如果你还顾着得到贝塔胶囊，只怕你没命活到那个时候，活命和权力，孰轻孰重你自己掂量着办吧！
卢俊义：（顾不得再询问其他事情）那你们有办法吗？
女娲：有，要补天，就要牺牲我们自己。