巴尔坦星人的飞船里，监测到了BASE总部里有强烈的黑暗物质反应。
巴尔坦星人总司令：与地球防卫军基地内的黑暗物质活动区对接，启动超时空传送，把生物兵器传送过去！做好进攻准备！
巴尔坦星人的飞船靠黑暗物质提供运行能源，它们通过分析达克奥特曼失控时强烈的黑暗物质能量波动，连接了外星飞船与BASE总部之间的时空通道。启动超时空传送，将巨型生物兵器传送到BASE总部，准备里应外合一举击溃地球防卫军。
BASE地下城市里“轰隆”一声巨响，两只虾钳破地而出，引得地面晃动不止。巨大的巴尔坦星人窜了出来，嚣张地抖动着虾钳，朝着地下城市发射光束肆意破坏，所过之处，爆炸不断。长期避居在地下城市养尊处优人们根本来不及逃跑，死伤数。
指挥中心信息员：（敲击键盘，播放现场画面）报告，巨型巴尔坦星人出现在地下城市的长安区，代号UT5，身高50米，体重54000吨！
李密：调遣基地内一半的兵力去阻击巴尔坦星人！
霎时间，地下城市的武装部队快速集结，掩护民众逃亡。空中盘旋着多架武装直升运输机，特战队员们顺着悬梯降落在街巷、楼顶等处，全力阻止巴尔坦星人的破坏行动。
软禁着渡边博士的555号调查室内也听到了来自地下城市的连环爆炸声，两名调查人员在轻微地震的晃动中颇感不安。
渡边博士：（脖子左右摇摆，发颤）
调查人员甲：你怎么了？不舒服吗？要不要给你叫医生？
渡边博士：（头部开始变形，脸上皱纹激增，耳朵变成了鱼鳍状，黑色的头发变成了深蓝色）
调查人员乙：（看到渡边博士突然改变了样貌，猛然反应，迅速从腰间枪套中拔出手枪）不好！这个老日本子是外星人！
调查人员甲：（按下审问台下的紧急警报按钮）
渡边博士：（从椅子上跳起，双脚落在审问台上，一挥手掌将调查人员甲打翻在地，左手抓住调查人员乙握手枪的双手，掰过枪头朝向对方）
调查人员乙：（看着对准自己的枪口惊恐万分）
调查室内传出一声枪响，渡边博士变成了Lst的本体形态闯出调查室，跑去了他藏着李千禧血样的秘密地点。自从他潜入生化实验中心盗取蓝色血样后，就暗中开始研制强化血清，并且自行注射了第一阶段的样品，因此，它才从蝗虫外形变成了如同鲛人般的模样。
但它不知道的是，这份血液样本是“S”与BASE研制出的混合植物与海洋生物基因的赝品，就是为了引蛇出洞，找出暗中潜伏在基地里伺机盗取“超人计划”秘密的外星间谍。
李千禧在帮助诺兰净化黑暗物质时消耗了太多能量，诺兰也渐渐神智恢复。趁着基地内乱，李千禧扛着诺兰的手臂朝医疗室走去。
诺兰：（撑着虚弱的身体，听见后方有人）千禧，后面有人，小心点......
李千禧：（扛着诺兰转过身回望）
楼道口一个穿着BASE制服的人一瘸一拐地走了过来，它那怪物般的轮廓虽在昏暗之中也依稀可以辨认——那是渡边博士变异后的Lst！
李千禧：（警觉）是外星人！
渡边博士：（看着自己的双掌变成了水生动物的蹼状，痛苦地哀嚎）怎么会这样！超进化！超人......计划......
说罢，渡边博士倒地身亡，就在二人对眼前的一幕摸不着头脑之时，渡边博士的尸体开始膨胀，撑破了BASE的制服，变成了树根状，上撑破顶，下扎入地，而且体型还在不断变大。
诺兰：不好！这个外星人变异成巨树了！快带着孩子们逃！
树根以极快的速度生长，轻而易举地刺穿BASE基地内的铜墙铁壁，驻扎在绝密区域闸门外的部队感觉到了地面晃动，尚未来得及反应，突然众多树根从地下刺出，扎进闸门，武装部队乱做一团，朝树根胡乱开火。
扎进闸门的树根快速繁衍，如同有自主意识一般撑开了绝密区域的最后一道屏障。一根最臃肿的树根上生长出了蓝色的花苞，花苞绽放后，显露出Lst本体的上半身。
Lst：（猖狂地大笑）哈哈哈哈！我要用这些人造超人把你们人类全部消灭掉！
在绝密区域内，照明顶灯依次亮起。区域内整齐站立着一排排高大的人造奥特曼，它们的外形与艾力特奥特曼一模一样。