一、税制改革渐渐推行全国，于弘治十七年全国开始统一实行新的税制。弘治十七年的税收达到了明朝有史以来的最高水平，突破七千万两。税制改革过程中，在地方上遇到不少阻力，税部尚书刘大夏大人面对藩王和当地士绅的指责不为所动，直言：谁若不按照新的税制纳税，以重罪论处。而反抗税制最为激烈的当属山东曲阜孔家，持着孔圣人的后代身份，坚持不按新的税制纳税，联合士林抵抗朝廷新政，刘大夏硬不低头，直接调动新军围困孔家，扬言十天之后，孔家若继续顽抗，必下令抄家。
同时朱厚照命令锦衣卫在民间公布孔家多年的所作所为，有不少为非作歹之事，甚至为了侵占农民土地而使用下三滥的手段，手上沾满鲜血，让民众看清了孔家的嘴脸，民情汹涌之下，士林也不敢再声援孔家，朝廷收回衍圣公称号，孔家主要人物被刘大夏抓获，缴获大批家产，诺大的孔家树倒猢狲散，自此孔家开始没落，泯然于众人。
二、户政改革随同税制改革推行，户政改革倒是没有掀起太大的波澜，主要的阻拦在于寺庙，一些寺庙以宗教净地名义，不配合官府登记。王华本就一身正气，作风硬朗，对于户政不支持的寺庙直接予以封锁山门，不让民众前往寺庙朝拜和祈福，也不让寺庙之人下山采购粮食。遇此情形，那些寺庙最终抵抗不过，开门迎接官府人员。
户政在实行过程中，倒是让朝廷有了意外收获，歪门邪教清查了不少，也让官府抓住了不少躲藏在寺庙中的罪犯。最大收获有两个，一是抓捕了不少白莲教余孽，但都是中下层的小角色；二是清查了寺庙的资产，寺庙资产令人瞠目结舌，仅仅土地一项全国就超过三十万亩，金银珠宝无数。
弘治帝看着清查上来的寺庙资产，久久没有言语，良久才仰天长叹：“朕愧对祖宗”。所有人都知道弘治帝是在自责，因为他曾经在一段时间内信奉佛道之术，希望通过佛道之术能改变自己的身体孱弱的状况。因此一些奸佞之辈再次混入宫中，再次祸乱朝政。
白莲教因为朝廷推行新的户政，让不少白莲教众被朝廷抓活，损失惨重，为了保全力量，白莲教再次隐匿，那个中年居士销声匿迹。明朝政治、治安等难得的出现平静期，但朱厚照并没因此放过白莲教，依旧让锦衣卫继续查探白莲教。而明朝进入小冰河时期，灾难不断，但在朝廷强有力的保障下，受灾地区均平稳度过，让民众对于朝廷的信心达到前所未有的高度。
三、军务改革，自杨一清升任为兵部尚书后，开始以新军为主，将京营、三千营、神机营等三大营打乱编入新军，三大营和新军军饷一致，采取新的军衔和职务，熟悉热兵器训练，慢慢摒弃冷兵器，按照新军的训练方式进行操练。当中清除了大批不合格者和依靠祖荫混吃混喝的勋贵子弟。在新军近乎变态的训练之下，三年后，三大营脱胎换骨，焕然一新。
弘治帝带着文武百官到西山军营检阅时，统一的新军服装、迈着矫健的步伐从检阅台前踏步走过，笔直的身躯，整齐的队伍，响亮的口号，让检阅台上的人都热血愤张。这才是一支真正的军队，精神面貌完全不可同日而语。
弘治帝极为满意，对杨一清赞不绝口，杨一清谦虚的说：“陛下，这不是臣的功劳。早些年在西山训练新军时，采用的就是殿下提供的训练方法。这是殿下的努力成果，臣等人不过是奉命行事而已，当不起什么功劳”。
听到是朱厚照的功劳，弘治帝颇为得意，他现在最喜欢别人夸朱厚照。弘治帝想起朱厚照的豪言壮语：“未来一定是热兵器的天下，给我五年时间，明朝军队一定所向披靡，横扫天下”，当时自己还只当是小孩子的胡言乱语，如今看来是自己浅薄了。
四、开海，弘治十六年末大朝会上，税部尚书刘大夏上书请求朝廷开海，陈述开海的各项好处，同时也坦言沿海城市民间私自出海之风甚盛，鉴于海上贸易打击困难，税收流失严重，建议朝廷开海，重开市舶司，以便掌握海上贸易情况，并实时纳税。
毫无意外，刘大夏的开海建言在大朝会上引起震动，不少官员的家族与海上贸易有着千丝万缕的关系，顿时纷纷反对朝廷开海。刘大夏横眉冷对千夫指，冷眼旁观他们上蹿下跳，引经据典反驳自己的建言，甚至搬出明太祖的祖训来骂刘大夏，刘大夏不为所动，等他们筋疲力尽的时候，刘大夏掏出一份名单，当场宣读，名单上的人都是参与海上贸易的家族，有官员质疑名单的真实性，牟斌直接站了出来，以项上人头担保名单是真实可信的，同时表明锦衣卫已经掌握确切的证据，那些官员立刻闭上了嘴巴，再不敢胡言乱语指责。
内阁三位阁老和一些朝廷大员适时站出来力挺刘大夏的建言，弘治帝非常“勉强”的同意了开海请求，在朱厚照的坚持下，市舶司改为海关，在朝廷设立海关总署，由王华为第一任海关部尚书，在琼州府、广州府、泉州府、福州府、温州府、台州府、宁波府、苏州府、淮安府、登州府、天津卫、永平府、等沿海地区设立海关司，由海关部垂直领导和管理。