在返回村子的途中，他们三人偶遇三名雨隐村的孤儿，分别是弥彦、小南和长门。原本大蛇丸想杀死三个战争孤儿，但他们因为有自来也的维护而存活了下来，更得到自来也传授忍术。
这场战役中，自来也、纲手、大蛇丸三人为木叶立下了无数功劳，同时他们三人的名号也威震忍界，然而，不幸的事情也随之来临，自来也接到一个蛤蟆送来的卷轴，他们得知那三个孩子死了，自来也意识到自己曾经的做法是错误的，然而这也是大蛇丸预料之中的事情，毕竟战争是残酷的。
战争是残酷的，纲手的弟弟绳树误入爆炸符坑，被炸死。纲手在与木目功刀、爱人加藤断一起执行任务中，发现内脏被掏空，奄奄一息的加藤断，自己全力治疗无果，给纲手的心灵留下了极大的创伤，这也导致了后来纲手患上了晕血症。
第二次忍界大战结束后，三忍一起来到了牺牲者的坟墓前，向他们致敬，纲手询问自来也接下来要去做什么，自来也还要继续踏在修行的旅途中，他认为，或许能在某处再次遇到能够改变这个世界的弟子，大蛇丸认为自来也是没事找事做，随后自来也询问大蛇丸难道不打算找后人继承自己的忍道吗，大蛇丸说自己仅有的心愿是能够学会这世间所有的术，然而，纲手与自来也一致认为，就算再怎么研究世间所有的术，人的生命也都不会永恒...…
由于弟弟绳树与爱人的死，纲手没有留在木叶村，而是带着断的侄女静音四处漂泊，也把医疗忍术传授给静音。她不断以赌博打发时间，除非有不如意之事发生而使她胜出，否则她每次都会大输一场，被赌界视为“传说中的大肥羊”。
大蛇丸的双手被第三代火影废了后，不单要面对难以忍受的痛楚，而且也不能使出任何需要结印的忍术。最后也决定和药师兜一同前往寻找“传说三忍”之一、拥有高超医疗忍术的纲手，希望让她治疗大蛇丸的双手。后来他们在短册街的城堡处找到纲手。大蛇丸向纲手提出条件，只要她肯答应为其治疗被三代所废的双手，就可以把她死去的人──加藤断及绳树进行复活，后又加上不会摧毁木叶隐村这个条件。纲手尽管很想见到亲人，但她知道大蛇丸是不会轻易放过摧毁木叶村的机会，便假装答应大蛇丸治疗双手，然后对他进行偷袭。兜看出纲手准备偷袭大蛇丸，立即掷出手里剑分开大蛇丸及纲手。纲手跟大蛇丸、药师兜之战瞬间展开，交易失败。
兜认为在城堡的地方不利于跟具有怪力的纲手对战，于是便把纲手引到山丘处。纲手一路走到山丘后，感到非常累，但是中途兜服用了兵粮丸，并使出具有攻击力的医疗忍术.查克拉手术刀，把查克拉注入纲手的手及腹剖的肌肉中，让纲手的神经系统痛苦。对于兜的高超医疗忍术及身手，纲手也感到吃力。及后更对纲手胸口施以一掌，使其难于呼吸。纲手亦报以其绝技“医疗攻击.术乱身冲”，将查克拉化成电力注入兜体内，麻痹其神经系统，令兜的手脚不能自由活动。但兜凭自身的医疗知识，很快突破麻痹状态，正想进行反击，刚好也被赶到的自来也、静音及鸣人击退。
接下来由于大蛇丸知道纲手的弱点，在纲手要给予兜最后一击时，兜放血，纲手的恐血症拖了后腿顿时纲手全身颤抖、动也不能动，只能任由他人攻击。但是由于鸣人的奋不顾身，纲手克服了恐血症，由于鸣人被兜重伤昏迷，大蛇丸转移目标并想杀死鸣人，纲手快速的上前帮鸣人挡下大蛇丸的攻击，由于纲手各处损伤严重，随即打开阴封印·解，使用禁术“忍法·创造再生”让身体各处再次恢复。
随后纲手用了通灵之术召唤蛞蝓，传说“三忍”自来也、纲手与大蛇丸展开决战，又分别召唤各自的通灵兽，大蛇丸败在力量型的纲手之下，后来大蛇丸使用了他常用的舌头攻击纲手，这招之前还把自来也塞进石缝里，但是被纲手用怪力破解了，随后纲手又用怪力破解了草雉剑，连三代都抵挡不住的草雉剑就这么简单的被纲手破解了由此看出纲手已经将怪力用得淋漓尽致。当这两样东西都被破解后，大蛇丸早就没有对付纲手的办法，所以只能逃跑。但在他逃跑的途中早就被纲手打垮。一场混战后，大蛇丸及万蛇均被纲手、自来也联手击败。兜立即救醒大蛇丸，并与大蛇丸一同撤退。
三忍之战结束，纲手回村了。
宇智波林渊担任第五代火影，在宇智波止水的辅助下，协助处理木叶忍者村的大小事，例如：佐助叛逃，跟其他村交涉活动建立良好关系，为受伤的旗木卡卡西、李洛克及秋道丁次进行治疗，接受国内国外的各项任务及安排担任的忍者。
在自来也出去的那段日子，她有时喜欢喝酒、睡觉、偷闲，故钢子铁及神月出云对纲手偷懒的行为感到不满。鸣人与自来也修行离开两年半，她将一身忍术及其技能传授给春野樱。
自来也在去雨忍村之前曾经向纲手告白，虽说最终没有说出口。纲手在自来也走后下了一个赌，她赌自来也不能回来。
这一次，她很高兴自己输了。
看着受伤的自来也，纲手很快的收拾心情。等待着自来也醒来。
而宇智波林渊，一方面安排鸣人前往妙木山修行。另一方面安排人员解读自来也在蛤蟆深作身上遗下的暗号，及解剖其中一名佩恩的躯壳以制订对敌放案。不久之后，“六道佩恩”突然来袭，木叶被佩恩摧毁，身为五代火影的宇智波林渊，派出鸣人与他们相斗。